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joyplot:GSEA的结果也能快乐起来
《joyplot:一种波涛汹涌,哦不对,是山峰叠峦的可视化方式》一文介绍了joyplot,这种图轻而易举就可以和ggtree搞基:
《ggjoy facet with ggtree》。
我很喜欢ggjoy,在思考如何用于可视化GSEA富集分析的结果。
我们在clusterProfiler/DOSE包中已经有许多的可视化方法。
running score:
enrichment map:
category-gene-network:
dotplot:
但是这些方法都只是可视化富集的结果,而没有一种方法可以整合表达量,有了ggjoy之后,显然我们是有办法展示富集结果的同时把表达量也一同展示出来的。
于是我在DOSE v>=3.3.2中定义了joyplot
函数,以下是使用KEGG做GSEA的示例,富集结果+表达量分布,迷之好看!
require(clusterProfiler)
data(geneList)
x <- gseKEGG(geneList)
joyplot(x)