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joyplot:GSEA的结果也能快乐起来

2017-08-25 Y叔 biobabble

joyplot:一种波涛汹涌,哦不对,是山峰叠峦的可视化方式》一文介绍了joyplot,这种图轻而易举就可以和ggtree搞基:
ggjoy facet with ggtree》。

我很喜欢ggjoy,在思考如何用于可视化GSEA富集分析的结果。

我们在clusterProfiler/DOSE包中已经有许多的可视化方法。

running score:

enrichment map:

category-gene-network:

dotplot:


但是这些方法都只是可视化富集的结果,而没有一种方法可以整合表达量,有了ggjoy之后,显然我们是有办法展示富集结果的同时把表达量也一同展示出来的。

于是我在DOSE v>=3.3.2中定义了joyplot函数,以下是使用KEGG做GSEA的示例,富集结果+表达量分布,迷之好看!

require(clusterProfiler) data(geneList) x <- gseKEGG(geneList) joyplot(x)


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